Власти, видя решимость и непреклонность священника, начали его преследовать. Пользуясь тем, что церковная сторожка, где жил о. Михаил, стояла за пределами церковной ограды, районный и областной исполкомы постановили выселить священника, отобрать у храма здание сторожки для размещения в нем ветеринарной лечебницы. Председатель Дымцевского сельсовета стал требовать, чтобы священник ушел из сторожки, он приходил к нему с этим требованием неоднократно, но о. Михаил всякий раз отвечал, что ни при каких обстоятельствах не покинет церковного здания.

Тогда в воскресенье 25 марта 1936 года председатель сельсовета велел выставить рамы в сторожке, и так как в это время на улице было еще очень холодно, то он надеялся, что священник сам уйдет из дома. Но этого не случилось. В тот же день о. Михаил после воскресного богослужения и проповеди сказал, что поскольку сельсовет вынул у него в доме рамы, то он обращается к прихожанам, чтобы они просили власти вернуть ему рамы, так как на дворе еще холодно. В храме в это время присутствовало около ста пятидесяти человек, и все они прямо из храма пошли к сельсовету. Председатель, напуганный идущей к сельсовету толпой, запер все двери и спрятался. Люди, найдя все двери запертыми, стали ходить вокруг дома, и, зная, что председатель сельсовета находится внутри, кричали ему, чтобы он возвратил оконные рамы, но тот никаких признаков жизни из дома не подавал, и прихожанам пришлось в конце концов разойтись.

Рамы не были возвращены, но о. Михаил не ушел из церковной сторожки; прихожанам он говорил: «Я из дома никуда не пойду, я стар и ничего не боюсь». Выселить его из церковной сторожки насильно местные власти не посмели, и он с тем же бесстрашием продолжал служить и проповедовать. К Пасхе того же года за исправную службу он был награжден иереем наперсным крестом.

Только через год, при наступлении повсеместных гонений, о. Михаил был арестован и заключен в Бежецкую тюрьму. Незадолго перед этим священнику исполнилось семьдесят девять лет; он тяжело болел и в течение нескольких месяцев не вставал с постели, передвигался только с помощью дочери. Приехавшие сотрудники НКВД, подняв за руки и за ноги, забросили его в машину и увезли в тюрьму. Вызванный для медицинского освидетельствования врач поставил диагноз: миокардит, и как следствие — отечность ног; полное отсутствие зубов, старческая дряхлость. К физическому труду тюремный врач признал его непригодным. Начались допросы.

— Какие проповеди и наставления вы давали верующим, касающиеся советской власти?

—Я верующим проповедовал часто, но о советской власти и политике ничего не говорил.

— В марте месяце сего года вы проводили антисоветскую агитацию среди верующих и организовали массовое выступление верующих с требованием к сельсовету возвращения вам дома. Подтверждаете это? — 25 марта я действительно проповедовал в церкви, а после службы я верующим сказал, что сельсовет у меня вынул рамы из дома, я просил их, чтобы они пошли и попросили сельсовет вернуть мне рамы, так как время было еще холодное. Верующие, которые присутствовали в церкви, а их присутствовало примерно 100-150 человек, все пошли требовать рамы у председателя сельсовета, но рамы сельсовет не вернул.

— Признаете ли вы себя виновным в предъявленном вам обвинении о проведении вами контрреволюционной деятельности?

— В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю.

—Вы отрицаете свою преступность в проведении контрреволюционной деятельности, но следствием и свидетельскими показаниями точно установлено, что вы проводили контрреволюционную деятельность; требуем правдивых показаний.

— Повторяю, что контрреволюционной деятельности я не проводил, а проповеди верующим говорил...

2 августа следствие было закончено, и дело направлено на рассмотрение Тройки НКВД, которая 10 августа приговорила священника Михаила Косухина к расстрелу.

В результате ли действий следователя Голофаста, который допрашивал о. Михаила, или тяжелых условий содержания в переполненной камере тюрьмы, но у священника оказалось сломанным левое бедро, он не мог ходить и не смог бы добраться до места расстрела. 16 августа по распоряжению администрации тюрьмы о. Михаил был переведен в Бежецкую городскую больницу, где прожил, приговоренный к расстрелу, 29 дней и 13 сентября 1937 года скончался.

Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.