Обстоятельства детства Иоанна известны только по рассказу Луки. Иоанн был сыном священника Захарии (из рода Аарона, то есть коэна) и праведной Елисаветы (из рода царя Давида) — пожилой бесплодной пары. Как повествует евангелист Лука, архангел Гавриил, явившись его отцу Захарии в Храме, возвестил о рождении у него сына, сказав «многие о рождении его возрадуются, ибо он будет велик пред Господом; не будет пить вина и сикера, и Духа Святаго исполнится еще от чрева матери своей» (Лк.1:13-17). Захария выразил недоверие ангелу, и за это тот покарал его немото

После того, как Дева Мария узнала, что ее родственница Елисавета беременна, она пришла навестить ее и «когда Елисавета услышала приветствие Марии, взыграл младенец во чреве ее; и Елисавета исполнилась Святаго Духа» (Лк.1:41). (Таким образом, своей матери Иоанн предсказал мессию, еще будучи в утробе).

Согласно Евангелию, его рождение случилось на полгода раньше Иисуса (его родственника). Отец Иоанна все еще оставался немым, и когда Елисавета пожелала дать сыну указанное ангелом нетрадиционное для своей семьи имя Иоанн («Яхве (Бог) смилостивился»), родственники потребовали от отца подтвердить его письменно.

Он потребовал дощечку и написал: Иоанн имя ему. И все удивились. И тотчас разрешились уста его и язык его, и он стал говорить, благословляя Бога. И был страх на всех живущих вокруг них; и рассказывали обо всем этом по всей нагорной стране Иудейской. Все слышавшие положили это на сердце своем и говорили: что будет младенец сей? И рука Господня была с ним. (Лк.1:63-66)

Евангелие упоминает о последующем детстве Иоанна вкратце, говоря лишь, что он «был в пустынях до дня явления своего Израилю» (Лк.1:80), то есть до достаточно взрослого возраста. Упоминается также, что отец Иоанна, Захария, был убит «между храмом и жертвенником» слугами Ирода (Мф.23:35).